È l'organo deliberante dell'Alleanza. Tra le funzioni che svolge: nomina la Presidenza, la/il Direttrice/Direttore scientifica/o, i componenti del Comitato scientifico, la/il Segretaria/Segretario generale, le/i Responsabili di area, l'Organo di controllo. Inoltre, approva ogni anno le linee strategiche e il rendiconto sull'attività svolta e il bilancio consuntivo.

Ne fanno parte: Martina Alemanno, Claudia Caputi, Valter Dondi, Enrico Giovannini, Marcella Mallen, Giuseppe Novelli, Marisa Parmigiani, Donato Speroni, Pierluigi Stefanini.

È espressione della società civile e costituisce una rete collaborativa di esperienze e conoscenze grazie alla quale l’Alleanza persegue le proprie finalità. L'Assemblea, presieduta dalla Presidenza, è composta da rappresentanti delegate/i da ciascun Aderente all'ASviS e si riunisce almeno due volte l'anno. 

Tra le sue funzioni, delibera sull'ammissione dei nuovi Aderenti e sulla creazione o scioglimento dei Gruppi di lavoro. È chiamata a esprimere il proprio parere, obbligatorio ma non vincolante, su alcune nomine, linee strategiche, programma di attività e bilancio preventivo.

Presiedono l'Alleanza Italiana per lo Sviluppo Sostenibile due membri dell'Assemblea dell'Associazione, nel rispetto del principio della parità di genere. Ciascun/a Presidente resta in carica tre anni e non può essere eletto/a per più di due mandati.

La Presidenza svolge un ruolo di rappresentanza istituzionale dell’Associazione, vigilanza sulla esecuzione delle deliberazioni delle Assemblee, e convoca e presiede le Assemblee. 

I Presidenti in carica sono Marcella Mallen e Pierluigi Stefanini.

La/il Direttrice/Direttore Scientifica/o è nominata/o per un triennio, rinnovabile.

Tra le sue funzioni: propone all’Assemblea dell’Associazione i membri del Comitato scientifico; convoca e presiede il Comitato scientifico; elabora annualmente, insieme alla Segreteria generale, la proposta di linee strategiche, il programma di attività e il bilancio preventivo; svolge un ruolo di impulso e visione strategica; supervisiona le principali pubblicazioni.

Il Direttore scientifico in carica è Enrico Giovannini.

La/Il Segretaria/o generale ha mandato di tre anni rinnovabile. Tra le sue funzioni: coordina le attività gestionali e organizzative, dando attuazione al programma di attività approvato dall’Assemblea dell’Associazione; presidia la Struttura organizzativa coordinando il lavoro del Team; assiste la Presidenza nell'elaborazione delle proposte degli atti per le deliberazioni.

Il Segretario generale in carica è Giulio Lo Iacono.